Podle ustanovení § 43 odst. 1 zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, ve znění pozdějších předpisů (dále jen "zákon"), s účinností od 1. prosince 2009 schvaluje výjimky ze zákazů ve zvláště chráněných územích (podle § 16, 26, 29, 34, § 35 odst. 2 a § 36 odst. 2 zákona), v případech, kdy veřejný zájem výrazně převažuje nad zájmem ochrany přírody, v každém jednotlivém případě vláda svým usnesením.
Řízení o výjimce vede Ministerstvo životního prostředí, které po obdržení žádosti o výjimku předloží tuto žádost do 60 dnů na jednání vlády. Po projednání ve vládě vydá Ministerstvo životního prostředí do 30 dnů rozhodnutí o výjimce podle usnesení vlády.
Podmínku výrazně převažujícího veřejného zájmu nad zájmem ochrany přírody mohou splňovat pouze ty záměry, které jsou zahrnuty v koncepcích schvalovaných na úrovni Vlády České republiky, tedy záměry celostátního nebo mezinárodního významu.
Především se tudíž v praxi jedná o oblasti, plochy a koridory vymezené v politice územního rozvoje podle § 31 a násl. zákona č. 183/2006 Sb., o územním plánování a stavebním řádu (stavební zákon), ve znění pozdějších předpisů.
V ostatních případech podle ustanovení § 43 odst. 3 zákona (tj. je-li na povolení výjimky veřejný zájem, jehož převaha nad zájmem ochrany přírody však není výrazná), kterých je v praxi naprostá většina, je orgánem ochrany přírody příslušným k povolení výjimky krajský úřad nebo případně správa národního parku či chráněné krajinné oblasti (jedná-li se o území národních parků, chráněných krajinných oblastí, národních přírodních rezervací, národních přírodních památek a ochranných pásem těchto zvláště chráněných území), Magistrát hlavního města Prahy (jedná-li se o území hlavního města Prahy) nebo újezdní úřad (jedná-li se o území vojenského újezdu).